小智（松本梨香 配音）一行人继续着磨练技艺的旅途，他们分开了欧鲁德朗城，这里正在举行为了纪念百年前阻止了战争的勇者亚朗而设置的对战祭典小智带着皮卡丘（大谷育江 配音）英勇参战，并且最终仰仗着弱小的实力夺得了头筹，取得了珍贵的宝物“勇者之杖”。 但是，让小智没有想到的是，传说中的神奇宝贝路卡利欧居然从杖中献身，它的重现江湖揭开了一个隐藏了百年的秘密。与此同时，微妙莫测的神奇宝贝梦境献身会场，掳走了皮卡丘和喵喵。为了找回皮卡丘，小智和贝路卡利欧踏上了旅途，他们的终点是世界初始之树，在那里隐藏着一切效果的答案。
